Bajardi: ilmiy raxbar

2.2-§. Interaktiv namunaviy chiqish. Shablon yaratish
Shablonlarni qidirish tugagach, chiqish sahifasida olingan modellarning kutilgan sifatiga qarab tartiblangan mavjud shablonlar roʻyxati koʻrsatilgan asosiy jadval mavjud (shablonlar reytingi haqida batafsil maʼlumot olish uchun bu yerga qarang).
Har bir shablon uchun quyidagi ma'lumotlar taqdim etiladi:
3D panelida shablonni tanlash va vizualizatsiya qilish uchun katakcha
Shablonning SMTL identifikatori va ushbu SMTL yozuvi bilan bog‘langan SWISS-MODEL andozalar kutubxonasi sahifasiga havola
Shablonning protein nomi
Maqsadli ketma-ketlikni qamrab olish (ko'kning quyuqroq soyalari yuqori ketma-ketlikni anglatadi)

GMQE (Global Model Sifat Bahosi)

QSQE (To'rtlamchi tuzilma sifatini baholash)

Maqsad-shablon ketma-ketligi identifikatori

Tuzilishni aniqlash uchun ishlatiladigan eksperimental usul (agar mavjud bo'lsa, ruxsat)

SMTL biobirligining oligomerik holati

Eksperimental tuzilishda mavjud bo'lgan ligandlar (agar mavjud bo'lsa)

Shablon tavsifi bilan qutini kengaytirish uchun bosiladigan belgi

Jadvaldan ko'rinib turibdiki, to'liq ketma-ketlikni qamrab oladigan va maqsadli ketma-ketlik bilan sezilarli ketma-ketlik identifikatoriga ega bo'lgan bir nechta andozalar mavjud. Keling, ularni batafsil tahlil qilaylik.

Belgilash katakchasini bosish orqali turli xil shablon tuzilmalarini ko'rish va 3D ko'ruvchida strukturaning superpozitsiyasi bilan solishtirish mumkin.
Keling, ularni maqsadli ketma-ketlikda qamroviga ko'ra tartiblaymiz va to'rtta eng yuqori darajali shablonni tanlaymiz. Biz ularning barchasi maqsad uchun yuqori ketma-ketlik identifikatoriga ega ekanligini kuzatishimiz mumkin (Identifikatsiya > 67%).

Bu yerda biz Drosophila melanogaster (SOD, UniprotKB AC: P61851) dan Superoxide Dismutase [Cu-Zn] oqsili uchun homologiya modelini qanday yaratish boʻyicha bosqichma-bosqich misol keltiramiz. Bu oqsil odatda hujayralar ichida hosil bo'ladigan va biologik tizimlar uchun toksik bo'lgan radikallarni yo'q qiladi.

O'zining tabiiy shaklida oqsil gomodimer bo'lib, har bir subbirlik uchun ikkita metall bog'lash joyi mavjud: biri Cu uchun, ikkinchisi Zn uchun.
Yangi modellashtirish loyihasini boshlash uchun “Modellashni boshlash” tugmasini bosing yoki navigatsiya panelidan (Modellash → myWorkspace) “myWorkspace” opsiyasini tanlang.
Siz proteinlar ketma-ketligini joylashtirishingiz yoki kirish shaklida maqsadli ketma-ketligingizning UniprotKB AC (P61851) ni taqdim etishingiz mumkin.
Muqobil kiritish formatlari tegishli ochiladigan menyu yordamida tanlanishi mumkin. Agar UniProtKB AC ishlatilsa, SWISS-MODEL kompaniyasining shaxsiy UniprotKB annotatsiya nusxasidan olingan ma'lumotlardan loyiha nomi avtomatik ravishda taklif qilinadi.
Mavjud shablon tuzilmalarini qidirish uchun "Shablonlarni qidirish" tugmasini bosing.
Qidiruv boshlangandan so'ng, siz ish holatini tekshirishingiz mumkin va ixtiyoriy ravishda taqdim etilgan havoladan foydalanib sahifaga xatcho'p qo'yishingiz va natijalarni ko'rish uchun keyinroq kelishingiz mumkin. Aks holda, qidiruv tugaguncha kutishingiz kerak.
Eslatma: “Model yaratish” opsiyasidan foydalangan holda avtomatik quvur liniyasi shablonni qidirish va shablonni tanlash bosqichlarini ham amalga oshiradi (batafsil ma’lumotlarni SWISS-MODEL yordam sahifasining “Avtomatlashtirilgan rejim” bo‘limida ko‘ring).
Avtomatlashtirilgan rejim modelning kutilgan sifatini maksimal darajada oshiradigan shablonlarni tanlaydi. Biroq, bu mavjud bo'lgan eng yaxshi shablon tanlanganligini kafolatlamaydi.
Modelning mo'ljallangan qo'llanilishiga qarab, yuqori o'rindagidan boshqa shablonni tanlash kerak bo'lishi mumkin.
Agar maqsad oqsilning modelini uning apo shaklida emas, balki ligand bilan kompleksda qurish bo'lsa, shunga o'xshash ligand yoki holo konformatsiyadagi shablonga ustunlik berish kerak.
(Interaktiv namunaviy chiqishga qarang)
Shablonlarni qidirish tugagach, chiqish sahifasida olingan modellarning kutilgan sifatiga qarab tartiblangan mavjud shablonlar roʻyxati koʻrsatilgan asosiy jadval mavjud (shablonlar reytingi haqida batafsil maʼlumot olish uchun bu yerga qarang).
Har bir shablon uchun quyidagi ma'lumotlar taqdim etiladi:
3D panelida shablonni tanlash va vizualizatsiya qilish uchun katakcha
Shablonning SMTL identifikatori va ushbu SMTL yozuvi bilan bog‘langan SWISS-MODEL andozalar kutubxonasi sahifasiga havola
Shablonning protein nomi
Maqsadli ketma-ketlikni qamrab olish (ko'kning quyuqroq soyalari yuqori ketma-ketlikni anglatadi)

GMQE (Global Model Sifat Bahosi)

QSQE (To'rtlamchi tuzilma sifatini baholash)

Maqsad-shablon ketma-ketligi identifikatori

Tuzilishni aniqlash uchun ishlatiladigan eksperimental usul (agar mavjud bo'lsa, ruxsat)

SMTL biobirligining oligomerik holati

Eksperimental tuzilishda mavjud bo'lgan ligandlar (agar mavjud bo'lsa)

Shablon tavsifi bilan qutini kengaytirish uchun bosiladigan belgi

Jadvaldan ko'rinib turibdiki, to'liq ketma-ketlikni qamrab oladigan va maqsadli ketma-ketlik bilan sezilarli ketma-ketlik identifikatoriga ega bo'lgan bir nechta andozalar mavjud. Keling, ularni batafsil tahlil qilaylik.

Belgilash katakchasini bosish orqali turli xil shablon tuzilmalarini ko'rish va 3D ko'ruvchida strukturaning superpozitsiyasi bilan solishtirish mumkin.
Keling, ularni maqsadli ketma-ketlikda qamroviga ko'ra tartiblaymiz va to'rtta eng yuqori darajali shablonni tanlaymiz. Biz ularning barchasi maqsad uchun yuqori ketma-ketlik identifikatoriga ega ekanligini kuzatishimiz mumkin (Identifikatsiya > 67%).
Kutilganidek, ularning tuzilmalari ham juda o'xshash, chunki ular juda yaxshi joylashadilar. Loop mintaqalari darajasida ba'zi mahalliy farqlar mavjud.
Buning mumkin bo'lgan sababi nima bo'lishi mumkin?
Odatda, oqsilning qolgan qismiga nisbatan ketma-ketlik va tuzilish jihatidan yuqori o'zgaruvchanligi tufayli, ilmoqlar modellashtirish xatolariga eng moyil bo'lgan hududlardir.

XULOSA
Xulsa qilib aytganda SWISS-MODEL ombori umumiy qiziqish uyg'otadigan model organizmlar to'plami uchun izohli uch o'lchovli oqsil modellarining so'nggi to'plamiga kirishni ta'minlaydi. Model organizmlar orasida inson, sichqon, C.elegans, E.coli va turli patogenlar, jumladan, og‘ir o‘tkir respirator sindromli koronavirus 2 (SARS-CoV-2) kiradi.[10] SWISS-MODEL repozitori UniProt, InterPro, STRING[13] va Nature PSI SBKB kabi bir qancha tashqi resurslar bilan birlashtirilgan.

SWISS-MODEL ekspert tizimining yangi ishlanmalari

(1) gomooligomerik birikmalarni avtomatlashtirilgan modellashtirish;
(2) oqsil tuzilmalarida muhim metall ionlari va biologik ahamiyatga ega ligandlarni modellashtirish;
(3) QMEAN mahalliy ball funksiyasiga asoslangan mahalliy (har bir qoldiq) model ishonchliligi taxminlari;
(4) UniProt xususiyatlarini modellarga solishtirish. (1) va (2) SWISS-MODEL ish maydonining avtomatlashtirilgan rejimidan foydalanganda mavjud; (3) SWISS-MODEL ish maydonidan foydalangan holda homologik modelni hisoblashda har doim taqdim etiladi va (4) SWISS-MODEL omborida mavjud.
Xulosa qilib aytganda yuqorida keltirib o’tilgan ma’lumotlar uqorida keltirib o’tilgan ma’lumotlar respublikamizda deyarli o’rganilmagan va amaliy tarzda o’quvchilarga yetkazilmagan. Buni o’rganish natijasida SWEBB MODEL dasturi naqadarkerakli mavzu ekanligini tushundim va o’z navbatida dolzarb mavzu hisoblanadi.

FOYDALANILGAN ADABIYOTLAR RO’YXATI

1. Westbrook J., Feng Z., Chen L., Yang H. va Berman, H.M. (2003) Protein ma'lumotlar banki va strukturaviy genomika. Nuklein kislotalari Res. , 31, 489–491. [PMC Bepul maqola] [PubMed] [Google Scholar]

2. Bekman B., Bairoch A., Apweiler R., Blatter M.-K., Eshtreicher A., Gasteiger E., Martin M.J., Mishud K., O'Donovan K., Fan, I. va boshqalar. (2003) SWISS-PROT oqsil ma'lumotlar bazasi va uning qo'shimchasi TrEMBL 2003 Nuklein kislotalari Res. , 31, 365–370. b.

3. Tramontano, A., Leplaye, R. & Morea, V. (2001) CASP4 da qiyosiy modellashtirish bashoratlarini tahlil qilish va baholash. 45 (ilova 5).

4. Marty-Renom M.A., Styuart A.S., Feather A., Sanches R., Melo F. va Sali, A. (2000) Genlar va genomlarning oqsil tuzilishini qiyosiy modellashtirish. Anna. Muhtaram Biofiz. biomol. Struktura, 29, 291–325. [PubMed] [Google Scholar]

5. Brenner SE (2001) Strukturaviy genomikani ko'rib chiqish.
6. Gex N., Dimand A. va Peitsch, MC (1999) Har bir inson uchun oqsillarni modellashtirish. Biokimyodagi tendentsiyalar. 11. Guex N. va Peitsch, MC (1997) SWISS-MODEL va Swiss-PdbViewer: qiyosiy oqsillarni modellashtirish muhiti. Elektroforez, 18b