B. B. Umarov BuxDU, "Кimyo" kafedrasi professori, kimyo fanlari doktori, professor

Molekulyar mexanika usuli bilan namunaviy masalalar yechish

Molekula parametrlarini o’lchash uchun uni avval belgilab olish lozim. Belgilangan atomning turi (Set Atom type), massasi (Set Mass) zaryadi (Set charge), geometrik chegaralarini (Contratian geometry) ko’rsatishi mumkin. Bog’ uzunligini o’lchash uchun Build menyusidan Contratian bond length belgilanadi. Agar ikkita atom belgilansa ular orasidagi masofa (A⁰) da hisoblanadi. Build (Add H Model Build yordamida gibridlanish ham amiqlanadi. Bog’ burchagini ko’rsatish uchun Constrain Bond Angle belgilanadi .

Shuningdek H bog’ uzunligini har bir sturuktura uchun qayta hisoblanadi yani molekula konfarmatsiyasi o’zgarishi bilan H bog’ o’zgaradi. Shuning uchun Display dan show Hydrogen Bongs tugmasi bosiladi Hureg Chemda hisoblashlar uchun (Setyp-sozlash)va Compyte (hisoblash) minyularridan foydalaniladi. Maskur menyularda molekulyar dinamik va kvantokimyoviy hisoblashlar (MM+AMBER’BIOCHARMM xyukkinning kengaytirilgan usuli CNDO,INDO,MINDO3,MNDO,MNDO old, AMI PM3 ZINDO/1 ,ZINDO/S , TNDO va noempirik Ab-Initio, funksional zichlik usuli (Density Functional)) ko’rsatilgan bo’lib ulardan keraklisi tanlab olinadi. Sozlash oynasi 9,12 –rasmdagidek ko’rinishga ega bo’ladi.

9,12-rasm. Sozlash menyusi.
Sozlash oynasidagi belgilar qisqacha quyidagilarni ifodalaydi. Molecular Mechanies-(molekuler mexanika) molekulalar sistemasi parametrlarini hisoblashda Nyuton usulidan foydalanish.
Sem: empirical – (poluempuik usul). ma’lum bir kvantokim yoviy hisoblash usulini tanlash .
Ab- Initio- (noempirik usul )Noempirik xartri-- Fok usulidan foydalanish .
Density Fuctional –Funktsional zichlik usulidan foydalanish.
Periodic Box –davriy kub –bunda faqat molelular mexanik usulda ( masalan –suv ) davriy kub usuli bilan hisoblanadi kvantokimyoviy usullar esa bu yerda davriy shartkarga bo’ysunadi .
Restraints- cheklash ma’lum bir chegaraviy shartlar qo’shish.
Set Velecity- tezlikni qo’shish sistemadagi atomlarning tezligini tiklash .
Set Finite Field- maydon chegarasini qo’shish-elektr maydonda tashqi reaksiyalarni sozlash
Not work – Kompyuter tizimi servis yordamida hisoblashlarni amalga oshiradi .
Edit parametrs –parametrlarni sozlash .
Select parameter Set-parametrlar to’plamini tanlash.
Compile parameter File – fayl parametrlarini komplyasiyalash .
Raektion – map – reaksiya sxemasi .
Ushbu dastur murakkab molekulalarning xossalarini ifodalashda eng qulay usul hisoblanadi .