Andijon davlat universiteti tabiiy fanlar fakulteti ekologiya va botanika kafedrasi

Amplifikasiyalanganfragmentlaruzunligipolimorfizmi (AFLP).
AFLP – Amplified Fragment Length Polymorphism (Amplifikatsiyalangan Fragment Uzunligi Polimorfizmi). Bu usul amprifikatsiya va restriksiya etaplaridan tashkil topgan bo‘lib eng avvalo genom DNKsi restriktazalar nabori (odatda, ikki 4 va 6 nukleotidlar ketma-ketligini taniydigan restriktazalar juftligi) bilan ishlanadi. Hosil bo‘lgan fragmentlarga adapterlar ulanadi. So‘ngra adapter praymerlari yordamida amplifikatsiyalanadi va undan keyin esa 3‘ uchida restriksiya sayiga tegishli bo‘lgan uch erkin nukleotid tutuvchi adapter ketma-ketligiga mos praymerlar yordamida selektiv amplifikatsiya o‘tkaziladi. Tripletlar amplifikatsiyani restriksion fragmentlarning ba‘zi qismlari bilan ta‘minlaydi. Bu usul yordamida nukleotid ketma-ketligini bilmasdan turib ham katta miqdordagi SNP larni tahlil qilish mumkin (Vos et al. 1995). AFLP markerlarini qo‘llab Genetika va O‘EB institututida (Abdurakhmonov et al., 2004) bir necha o‘zbek navlarining molekulyar-genetik pasporti yaratilgan.
Mikrosatellitlar yoki SSR (SSR – Simple Sequence Repeat - Oddiy takrorlanuvchi ketma-ketliklar). SSR markerlari o‘zining yuqori polimorfliligi hamda bilan boshqa 35 markerlardan ajralib turadi. Mikrosatellitlar hattoki yaqin qarindosh bo‘lgan individuumlar lokusarida ham yuqori polimorfizm namoyon etadi. (Tautz 1989). Mikrosatellit ketma-ketliklari odatda dinukleotid (AC)n, (AG)n, (AT)n; trinukleotid (CGG)n, (GCC)n, (TCT)n, (TTG)n; tetranukleotid (TATG)n va h-o bo‘lib, ―n‖ – mikrosatellit lokuslar ichidagi ketma-ketlikliklari takrorlarining miqdorini bildiradi.
DNK restriksiya fragmentlari polimorfizmi (CAPS vadCAPS).
CAPs - (Cleaved Amplified Polymorphism - Parchalangan Amplikonlar Polimorfizmi) va dCAP (ishlab chiqilgan CAP). Polimorfik restriksiya saytini RFLP usuli bilan aniqlash kerakli fragmentni va parchalash uchun unga mos keladigan ferment tomonidan PSR-amplifikatsiyasida amalga oshiriladi. CAP markerlari gen-spetsifik markerlar hisoblanib kerakli gen amplifikatsiya mahsulotida mavjud bitta nukleotid polimorfizmiga asoslangan. Eng avval o‘rganilayotgan belgi uchun javob beruvchi javob beruvchi gen klonlanadi va sikvens qilinadi. Undan so‘ng ketma-ketligi aniqlangan uchastka internet ma‘lumotlar bazasida mavjud SNPga va ushbu SNP restriksiya saytini aniqlash uchun teshirib ko‘riladi. Nazariy tomondan yovvoyi tip yoki mutant ketma-ketligi SNP tufayli endonukleazalarga ta‘sirchanligi bilan farqlanishi va shu sababli spetsifik endonukleazalar (restriktazalar) tomonidan parchalanishi (kesilishi) mumkin. Agarda SNP mavjud restriktazalar bilan kesiladigan bo‘lsa marker yaratish mumkin (Konieczny and Ausubel, 1993). Aksincha restriksiya sayti mahsulotda mavjud bo‘lmasa u holda SNP yoniga sun‘iy ravishda restriksiya sayti kiritiladi va bu dCAP deb ataladi (Neff et all., 1998). Garchi biroz kamchiliklari bo‘lsada, o‘zining oddiyligi va ishonchliligi bilan bu metod ancha keng tarqalgan va ommabopdir. Uning kamchiliklaridan biri restriksiya saytlarida faqat 36
STS – (Sequence Tagged Site – sikvens qilingan saytlar). STS – bu DNKning kalta (200-500 j.a.), noyob ketma-ketliklaridir. STS ketma-ketliklari genetik polimorfizmni topish yo‘lida ishlatiladigan fragmentlar restriksiyasi, DNK fragmentlarining, zondlarning klonlanishi kabi analizlarda foydalaniladi. (Ivanov, 1989).