Digital Gen Expression Displayer (DGED) ikkita kutubxona hovuzi o'rtasida gen ifodasini taqqoslash uchun vositadir. U cDNA kutubxonalarini yoki SAGE teglar kutubxonalarini solishtirish uchun ishlatilishi mumkin. XProfiler-dan farqli o'laroq, u kutubxona fondida gen mavjudligini daraja masalasi sifatida ko'rib chiqadi. U bir hovuzdagi gen miqdorini boshqa hovuzdagi bir xil gen miqdori bilan solishtiradi. Bu taqqoslash ikki raqamga qisqartiriladi: ketma-ketlik nisbati va ahamiyatlilik o'lchovi. Ikki hovuz A va B o'rtasidagi ketma-ketlik koeffitsientini hisoblash uchun DGEDda qo'llaniladigan formula; (A-dagi ketma-ketliklar/A hovuzidagi jami ketma-ketliklar)/(B-dagi ketma-ketliklar/B hovuzidagi jami ketma-ketliklar). DGED natijalari ushbu koeffitsient nisbati bo'yicha tartiblangan, barcha holatlar "NaN" (raqam emas) ro'yxatida birinchi o'rinda turadi. NaN tenglamaning maxraji 0 ga teng bo'lganda yuzaga keladi, ya'ni,silico gen ekspresyonu texnikasida foydalanuvchi mikrodisseksiyalangan to'qimalar manbasini ommaviy to'qimalardan tanlashi mumkin, bu esa yanada aniqroq gen ifodasi chiqishini beradi. DGED ning yana bir kuchli tomoni shundaki, har ikkala guruhdagi har bir genni (hatto EST hovuzda faqat bir marta ko'rinsa ham) ro'yxatini tuzadigan cDNA xProfilerdan farqli o'laroq, DGED ketma-ketlik nisbati va Bayesianga asoslangan holda faqat statistik jihatdan muhim farqlarni topadi. sinov.
Raqamli differentsial displey
Raqamli differentsial displey (DDD) differensial gen ifodasini aniqlash uchun kuchli veb-asoslangan bioinformatik vositadir. DDD NCBI UniGene ma'lumotlar bazasida taqdim etilgan normal va kasallik cDNK kutubxonalarining EST profillaridan foydalanadi. DDD turli kutubxonalar yoki kutubxonalar hovuzlaridan ma'lum bir UniGene klasteriga EST topshiriqlari sonini solishtiradi. Fishersning aniq testi chiqishni statistik jihatdan muhim farqlar bilan cheklash uchun ishlatiladi (P ≤ 0,05). Shuning uchun foydalanuvchilar keyingi tahlildan ahamiyatsiz natijalarni qoldirib ketishlari oson. DDD dan olingan ma'lumotlar ma'lum bir klasterga mos keladigan har bir hovuzdagi ketma-ketliklarning ulushini bildiruvchi raqamli qiymatni beradi. DDD tajribasiga misol quyidagicha davom etadi.
Ddd tajribasining tavsifi
Odatdagi DDD tajribasida foydalanuvchi har bir hovuzga qaysi to'qimalar kutubxonalarini biriktirish kerakligini tanlashi kerak. Keyin hovuzlar taqqoslanadi. DDD qaysi kutubxonalar tanlanganiga qarab turli xil to'qimalarning EST tarkibiy qismlarini solishtiradi va shu bilan solishtirilayotgan kutubxonalardagi har bir ketma-ketlikning nisbiy ko'rinishini aniqlaydi. DDD chiqishi ikki to'qimalar o'rtasida differensial ravishda ifodalangan EST ga mos keladigan Unigene klasterlariga havolalarga ega bo'lgan veb-fayl shaklida bo'ladi.
Oddiy DDD chiqishi. Taqqoslash uchun hovuzlarni (A va B) tanlagandan so'ng, statistik jihatdan muhim farqlar ifodalanadi. Har bir chiziq genni ifodalaydi. Har bir gen uchun raqamlar genning o'sha hovuzda necha marta ifodalanishini bildiradi. Farqning p qiymati ushbu raqam ostida keltirilgan. Gen haqidagi ma'lumotlar, jumladan uning nomi, qisqartirilgan sarlavhasi va unigen raqami ham taqdim etiladi.
DDD ma'lum bir UniGene klasteriga tanlangan kutubxonalar ketma-ketliklari sonining statistik ahamiyatini aniqlash orqali chiqishni statistik jihatdan ahamiyatli farqlar ( P ≤ 0,05) bilan cheklash uchun Fisher ekstrakti testidan foydalanadi . Bu namunaviy o'lchamlar kichik bo'lganda kategorik ma'lumotlarni tahlil qilish uchun statistik test. Fisherning aniq testi juda konservativ va favqulodda vaziyatlar jadvalidagi ma'lumotlar qiymatlarining umumiy soni aniqlanmagan sozlamaga mos kelmasligi ta'kidlangan. XProfiler-da ishlatiladigan Bayes usullari kamroq konservativ statistik chegaraga ega. UniGene-da 1000 dan ortiq ketma-ketliklarga ega genlar kiritilishi uchun tahlil ham cheklangan. DDD ning cheklanishi shundaki, bu talablar tahlil imkoniyatlariga cheklovlar qo'yadi. Har bir hovuzda ko'p sonli ketma-ketliklar mavjud bo'lmasa, genlarning chastotalari odatda statistik ahamiyatga ega emas. Bundan tashqari, to'qimalarning turlari, hujayra turlari, gistologiyasi va kutubxonalarni yaratish usullarining xilma-xilligi kutubxonalarning biron bir jihatiga sezilarli farqlarni kiritishni qiyinlashtirishi mumkin.
