3-amaliy mashg’ulot blast dasturi yordamida nukleotid ketma-ketlikni solishtirish. Blast dasturi vositasida aminokislotalar ketma-ketliklarini taqqoslash va translyantlarning olinishi

Parametr ORF
Ta’rif
Strand
Frame
Start
Stop
Length (bp|aa)

3.3. Aminokislotalar ketma-ketligini tarjima qilish uchun (ro'yxatning chap tomonida) ko'rish uchun ro'yxatdagi eng uzun o'qish doirasini tanlang. Oldingi bilimlardan foydalanib, ushbu ketma-ketlik qaysi proteinga tegishli ekanligini bilib oling.

Olingan polipeptidni Sequence Manipulation Suite xizmatidan foydalanib o'rganing (www.bioinformatics.org/sms2): uning molekulyar og'irligi va izoelektrik nuqtasini aniqlang. Bitta aminokislota qoldig'ining o'rtacha molekulyar og'irligi qancha?
t-RNK tuzilishini o'rganish
3.4. PDB Bankda 1VTQ ni toping. Pdb faylini kompyuteringizga saqlang va uni DS Viewer-da oching. Agar kompyuteringizda hech qanday dastur o'rnatilmagan bo'lsa, siz JSmol serveridan foydalanishingiz mumkin, ammo undagi katta molekulalar bilan ishlash unchalik qulay emas.
3.5. T-RNKning ikkilamchi va fazoviy tuzilishini taqqoslang. Fazoviy tuzilishdagi petiole, D-halqa, TψC-halqa, anti-kodon halqa toping.
Tegishli spirallar boshlanadigan tayanch juftliklarning sonini aniqlang, ya'ni. Ushbu spirallarning birinchi juftlashgan asoslari (petiole raqamlari allaqachon rasmda ko'rsatilgan, qolgan uchta spiral uchun bir xil narsani aniqlang).
3.6. DS Viewer dasturidagi RNK ketma-ketligi o'zgartirilgan nukleotidlarni bildiruvchi "N" harflarini o'z ichiga oladi. Keyingi ishingizda ishlatadigan ikkinchi darajali tuzilmani taxmin qilish xizmati to'g'ri ishlashi uchun N ni X bilan almashtirish kifoya qiladi (ya'ni noma'lum nukleotidlar sifatida belgilanadi). Biroq, ularni PDB veb-saytining tuzilish sahifasidan olib, "boshlang'ich" (o'zgartirilmagan) bazalar harflari bilan belgilash biologik jihatdan to'g'ri bo'ladi.
1VTQ tuzilishini yuklab olgan sahifaga qayting. Tuzilmaning xulosasi yorlig'idagi Makromolekulalar bo'limidagi 1VTQ uchun Sequence displeyini bosing. O'zingizning ketma-ketligingiz bilan "N" harfi bilan almashtirishingiz kerak bo'lgan harflar qizil rang bilan belgilangan.
DS Viewer-dan ketma-ketlikni matn muharririga nusxalash va "N" harfini almashtirish.
3.7. Qaysi modifikatsiyalangan bazada t-RNK mavjudligini ko'rib chiqing. Mustaqil ravishda topilgan ma'lumot manbalarini ishlatib, jadvalni to'ldiring.