3-amaliy mashg’ulot blast dasturi yordamida nukleotid ketma-ketlikni solishtirish. Blast dasturi vositasida aminokislotalar ketma-ketliklarini taqqoslash va translyantlarning olinishi

Belgilanishi	Sarlavha
O'zgartirish (Модификация)
PSU	Псевдоуридин	Azot atomi boshqa holatda
H2U
1MG
5MC
5MU

RNK ikkilamchi tuzilishini bashorat qilish
3.8. T-RNKingiz ketma-ketligidan foydalanib, RNK ikkilamchi tuzilishini taxmin qilish xizmatining ishlashini ko'rib chiqing.
Ushbu turdagi eng qulay veb-xizmatlaridan biri Rochester universiteti veb-saytida joylashgan:
rna.urmc.rochester.edu/RNAstructureWeb/Servers/Predict1/Predict1.html
Dasturning kirish parametrlarini ko'rib chiqing. O'zingizning ketma-ketligingizni tegishli kiritish maydoniga nusxalash va dasturni ishga tushirish.
3.9. Odatda, strukturani bashorat qilish muammosining nisbatan yuqori hisoblash murakkabligi tufayli natijalar paydo bo'lishidan oldin bir necha daqiqa kutish kerak.
Hisob-kitoblarning natijalarini ko'rib chiqing. Bashorat qilingan spirallarni (tayanch juftliklari) ilgari topilgan haqiqiylar bilan taqqoslang. Natijalarni muhokama qiling.
Mavzu 5. Oqsil tuzilishini tahlil qilish. Molekulyar dizayn
Molekulyar dizayn - bu ma'lum funktsional xususiyatlarga javob beradigan yangi moddalarni yaratish jarayoni. "Drag-dizayn" atamasi yangi dori yaratish jarayonini anglatadi - bu ma'lum bir oqsil bilan ta'sir o'tkazadigan va uning faolligini susaytiradigan modda. Preparat o'zaro ta'sir qiladigan protein "maqsad" deb ataladi; Nishon bilan ta'sir o'tkaza oladigan modda (bu holda dori) ligand deb ataladi.
Drag dizaynining dastlabki bosqichida molekulalar in silicoda o'rganiladi. Agar maqsadli struktura ma'lum bo'lsa, unda ligand qanday xususiyatlarga ega bo'lishi kerakligini tushunish uchun uning ichida (ferment, faol markaz bo'lsa) funktsional markazni topish va uning tuzilishi va fizik-kimyoviy xususiyatlarini o'rganish kerak. Ba'zi hollarda nafaqat nishonning tuzilishi, balki turli xil tabiiy ligandlarning tuzilishi ham ma'lum - bu holda kerakli xususiyatlarga ega bo'lgan modda olish uchun ularni o'zgartirish mumkin.
Ushbu mavzudagi asarlarda siz oqsilning funktsional markazini qidirasiz, uning tuzilishi va fizik-kimyoviy xususiyatlarini tahlil qilasiz, mumkin bo'lgan inhibitörün tuzilishini "yaratasiz" va maqsadga muvofiqligini modellashtirasiz. Shartli "nishon" sifatida biz ma'lum tuzilishga ega bakterial protein ekzotoksinidan foydalanamiz.