Davlat toʻntarishi, fuqarolar urushi va mustaqillik eʼlon qilinishi Mojaro 1975-yilning oʻrtalarida, mustaqillik tarafdori boʻlgan ikkala partiyada ham hokimiyatni zoʻravonlik bilan egallash haqidagi mish-mishlar tarqala boshlaganda avjiga chiqdi [38]. 1975 yil avgust oyida UDT poytaxt Dilida davlat to'ntarishi uyushtirdi va qurolli to'qnashuvlar boshlandi. Ramos-Xorta qarama-qarshilikni "qonli" deb ta'riflaydi, har ikki tomondan zo'ravonlik haqida xabarlar keladi. U 2-3 ming kishini urush qurbonlari deb hisoblagan Xalqaro Qizil Xoch qo'mitasidan iqtibos keltiradi [39] [40]. Janglar tufayli Portugaliya hukumati yaqin atrofdagi Atauro oroliga (port. Ataúro) [41] [42] koʻchib oʻtishga majbur boʻldi. FRETILIN ikki hafta o'tgach, UDT kuchlarini mag'lub etib, Indoneziya va Portugaliyani biroz hayratda qoldirdi [43]. UDT rahbarlari Indoneziya nazorati ostidagi G'arbiy Timorga chekinishdi. 7-sentyabrda ular Sharqiy Timorni Indoneziya bilan birlashtirishga chaqirdilar [42] [44] [45] [46] [47]. Indoneziya bilan chegaradosh Timor Lestening Bobonaru tumani xaritasi. Fuqarolar urushidan keyin mintaqada harbiy to'qnashuvlar davom etdi, turli aholi punktlari bosqindan oldin Indoneziya tomonidan qo'lga kiritildi. Sharqiy Timor ustidan nazoratni qo'lga kiritgandan so'ng, FRETILIN Indoneziya Milliy Armiyasi va UDT kuchlarining kichik guruhining sharqdan hujumlarini qaytarishni boshladi [48] [49] [50]. Indoneziya 1975 yil 8 oktyabrda chegaradagi Batugade [de] (port. Batugade) shahrini egallab oldi; yaqin Balibo [de] (port. Balibo) va Maliana (port. Maliana) sakkiz kundan keyin olingan [51]. Baliboga qilingan hujum chog‘ida avstraliyalik yangiliklar televideniyesi xodimlari, keyinchalik Balibo beshligi deb ataladigan bo‘lsak, Indoneziya askarlari tomonidan o‘ldirilgan [52]. Indoneziya rasmiylari ularning o‘limi tasodifiy bo‘lganini aytsa, Sharqiy Timor guvohlari jurnalistlar ataylab o‘ldirilganini aytishgan. Jurnalistlarning oʻlimi va undan keyingi kampaniyalar va sud jarayonlari xalqaro eʼtiborni oʻziga tortdi va Sharqiy Timor mustaqilligini qoʻllab-quvvatlashni kuchaytirdi [53]. Noyabr oyi boshida Indoneziya va Portugaliya tashqi ishlar vazirlari mojaro bo'yicha rezolyutsiyani muhokama qilish uchun Rimda uchrashdilar. Timor rahbarlarining hech biri muzokaraga taklif qilinmaganiga qaramay, FRETILIN Portugaliya bilan ishlashga tayyor ekanliklarini bildirgan xabar yubordi. Uchrashuv ikkala tomonning Portugaliya va Sharqiy Timorning siyosiy rahbarlari o'rtasida uchrashuv o'tkazishga rozi bo'lishi bilan yakunlandi, ammo uchrashuv hech qachon bo'lmadi [54] [55] [56]. Noyabr oyi oʻrtalarida Indoneziya qoʻshinlari Atabae [de] (port. Atabae) shahrini dengiz qamalini boshladilar va oy oxiriga kelib uni egallab oldilar [57] [58]. Portugaliyaning harakatsizligidan norozi bo'lgan FRETILIN rahbarlari, agar ular mamlakat mustaqilligini e'lon qilsalar, Indoneziya hujumini yanada samaraliroq to'xtata olishlariga ishonchlari komil edi. Milliy siyosat bo'yicha komissari Mari Alkatiri (port. Mari Alkatiri) turli hukumatlardan ko'mak olib, Afrika bo'ylab diplomatik safar qildi. FRETILINning so'zlariga ko'ra, ushbu sayohatlarda Sharqiy Timor dunyoning 25 mamlakati, jumladan, Xitoy, Kuba, Mozambik, SSSR va Shvetsiyadan yangi davlatni tan olish kafolatlarini oldi. Kuba 21-asr boshlarida Sharqiy Timor bilan yaqin munosabatlarni saqlab kelmoqda. 1975-yil 28-noyabrda FRETILIN bir tomonlama mustaqillikni e’lon qildi va Sharqiy Timor Demokratik Respublikasini [59] [60] tuzdi. Indoneziya APODETI va UDT rahbarlari ertasi kuni o'zlari bosib olgan Balibo hududini Sharqiy Timordan mustaqil va Indoneziyaga tegishli deb e'lon qilganliklarini e'lon qildi. Ammo bu "Balibo deklaratsiyasi" Indoneziya razvedkasi tomonidan yaratilgan va Balida imzolangan. Keyinchalik u "Balibohong deklaratsiyasi" (indoneziya Deklarasi Balibohong) deb ta'riflangan - bu nom so'z o'yiniga asoslangan, jumladan, indonezcha "yolg'on" so'zi [61] [62]. Portugaliya ikkala deklaratsiyani ham rad etdi va Indoneziya hukumati Sharqiy Timorni anneksiya qilishni boshlash uchun harbiy aralashuvni tasdiqladi [63].
qiyinchilik Indoneziya bosqinining rivojlanishi Indoneziya tashqi ishlar vaziri Adam Malik dastlabki ikki yil ichida o'ldirilgan timorliklar soni "50 yoki ehtimol 80 ming kishi" ekanligini taxmin qildi [64] Asosiy maqola: Lotus operatsiyasi 1975 yil 7 dekabrda Indoneziya qo'shinlari Sharqiy Timorga kirdi. Lotus operatsiyasi (Indoneziya Operasi Seroja) Indoneziya tomonidan amalga oshirilgan eng yirik harbiy operatsiya edi [63] [65]. Ramos-Xortaning so'zlariga ko'ra, FRETILIN harbiy tashkiloti qo'shinlari Falintil [en] (portdan. Shahardan [66]. Angkasa jurnali Indoneziya harbiy xizmatchilari tomonidan 35 va Falintil tomonidan 122 kishi halok bo'lganini xabar qiladi [67]. Yil oxiriga kelib 10 000 askar Dilini bosib oldi, yana 20 000 askar Sharqiy Timor boʻylab tarqaldi [66] [68]. Indoneziya armiyasining sezilarli ustunligini koʻrgan Falintil qoʻmondonligi qoʻshinlarni togʻlarga olib chiqib ketdi va u yerda partizanlarning jangovar operatsiyalarini davom ettirdi [69]. Indoneziya askarlari shaharlarda, xususan, Dili shahrida tinch aholini, jumladan, ayollar va bolalarni zo'rlagan va o'ldirishgan [70] [71] [72] [73] [74]. 1976 yil mart oyida UDT rahbari Fransisko Xavier Lopes da Kruz bosqin paytida 60 000 timorlik o'ldirilgani haqida xabar berdi. Indoneziya hamjamiyatiga yordam koʻrsatish delegatsiyasi bu statistik maʼlumotga rozi [75]. 1977 yil 5 aprelda The Sydney Morning Herald gazetasiga bergan intervyusida Indoneziya tashqi ishlar vaziri Adam Malik qurbonlar soni "50 yoki ehtimol 80 000" [64] ekanligini aytdi. Indoneziya hukumati Sharqiy Timorning anneksiya qilinishini mustamlakachilikka qarshi harakat sifatida taqdim etdi. 1977 yilda Indoneziya Tashqi ishlar vazirligining "Sharqiy Timorda dekolonizatsiya" nomli risolasida "o'z taqdirini o'zi belgilashning muqaddas huquqi" [76] sharafiga bag'ishlangan va APODETI Sharqiy Timor ko'pchiligining haqiqiy vakillari sifatida tan olingan. Unda aytilishicha, FRETILINning mashhurligi “tahdid, shantaj va terror siyosati” natijasidir [27]. Keyinchalik, Indoneziya tashqi ishlar vaziri Ali Alatas (indoneziyalik Ali Alatas) bu pozitsiyani 2006 yildagi memuarlarida ("Oyoqdagi tosh: Sharqiy Timor uchun diplomatik kurash") takrorladi [77]. Indoneziya bosqindan keyin orolning g'arbiy va sharqiy qismlarga bo'linishi Gollandiya va Portugaliya imperiyalari tomonidan "mustamlaka zulmi natijasidir" deb da'vo qildi. Shuning uchun Indoneziya hukumatining fikricha, Sharqiy Timorning anneksiya qilinishi va 27-viloyatning tashkil etilishi 1940-yillarda boshlangan arxipelagni birlashtirish yoʻlidagi navbatdagi qadam edi [23].
